หลักสูตรการเรียนของโรงเรียนเพ็ญสมิทธ์ แบ่งเป็นหลักสูตรสามัญศึกษา (กระทรวงศึกษาธิการ) และหลักสูตรนานาชาติ (สหราชอาณาจักร) สำหรับหลักสูตรสามัญศึกษา โรงเรียนจัดแผนการเรียนเป็น 2 แผนการเรียน คือ สามัญ และ Intensive English Program (IEP) ซึ่งมีเนื้อหาการเรียนตามหลักสูตรแกนกลางของกระทรวงศึกษาธิการ

โรงเรียนเพ็ญสมิทธ์เป็นโรงเรียนสหศึกษา ในเครือโรงเรียนคาทอลิก ที่เห็นความสำคัญของการพัฒนาเยาวชนให้เป็นประชากรที่มีคุณภาพ  โรงเรียนเน้นคุณลักษณะผู้เรียนในศตวรรษที่ 21 คือ ด้านความคิดสร้างสรรค์ การริเริ่ม การมีวิจารณญาณ และมีความสามารถในการแก้ปัญหา ตลอดจนทักษะด้านการสื่อสารและการใช้เทคโนโลยี และที่สำคัญที่สุดคือ การรู้จักทำงานร่วมกับผู้อื่น ซึ่งต้องใช้ทักษะทางด้านสังคม การปรับตัว การเป็นผู้นำ ทั้งนี้เพื่อตอบรับนโยบายระดับประเทศเรื่องคุณลักษณะผู้เรียนในยุค Thailand 4.0 โรงเรียนเน้นให้นักเรียนรู้จักใช้เทคโนโลยีในการแสวงหาความรู้ด้วยตนเอง รู้จักคิดวิเคราะห์ ผลิตงานที่สร้างสรรค์ และมีรับผิดชอบ

ปัจจุบัน การมีโลกทัศน์ที่กว้างไกลเป็นสิ่งที่ควรแสวงหา เพราะจะทำให้แต่ละคนยอมรับความแตกต่าง ได้อย่างมีเหตุผล โรงเรียนเน้นให้นักเรียนมีมุมมองที่กว้าง มีความรู้เกี่ยวกับวัฒนธรรมที่แตกต่าง เรียนรู้จากสิ่งที่เกิดขึ้นทั่วโลก และนำสิ่งที่ได้รู้ได้เห็นมาปรับใช้ให้เกิดประโยชน์ นอกจากนี้ โรงเรียนสนับสนุนให้นักเรียนนับถือศาสนา เพราะนอกจากศาสนาจะเป็นสิ่งยึดเหนี่ยวจิตใจแล้ว ศาสนายังช่วยให้นักเรียนใช้ความรู้ความสามารถในทางที่ถูกต้องและมีมนุษย์สัมพันธ์ที่ดี

กระทรวงศึกษาธิการประกาศใช้หลักสูตรแกนกลางขั้นพื้นฐาน พ.ศ.2551 (ฉบับปรับปรุง 2560) เมื่อวันที่ 7 สิงหาคม 2560 ซึ่งประกอบด้วย 8 กลุ่มสาระ ได้แก่ กลุ่มสาระการเรียนรู้ภาษาไทย คณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ สังคมศึกษา ศาสนาและวัฒนธรรม สุขศึกษาและพละศึกษา ศิลปะ การงานอาชีพและเทคโนโลยี และภาษาต่างประเทศ ซึ่งเนื้อหาการเรียนรู้มีความทันสมัย ทันต่อการเปลี่ยนแปลง โดยคำนึงถึงการส่งเสริมให้ผู้เรียนมีทักษะที่จำเป็น สำหรับการเรียนรู้ในศตวรรษที่ 21  เพื่อเตรียมผู้เรียนให้มีความพร้อมสำหรับการประกอบอาชีพในอนาคต หรือศึกษาในระดับที่สูงขึ้น เป็นประชากรที่มีประสิทธิภาพของประชาคมโลก  การปรับปรุงหลักสูตรจึงเน้นองค์ความรู้ที่เป็นสากลเทียบเท่านานาชาติ  มีการเชื่อมโยงความรู้ทางคณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยี เข้าด้วยกัน โดยให้นักเรียนเรียนรู้ผ่านการปฏิบัติที่ส่งเสริมการพัฒนาความคิด เนื้อหาการเรียนรู้เน้นทักษะที่จำเป็นในการดำรงชีวิตในสังคมที่มีการเปลี่ยนแปลง

 

โรงเรียนเพ็ญสมิทธ์จัดแผนการเรียนการสอนให้สอดคล้องกับหลักสูตรแกนกลางขั้นพื้นฐานดังกล่าว เพื่อให้นักเรียนมีความรู้และมีความสามารถในการเรียนรู้แบบประชากรโลกในศตวรรษที่ 21 โดยเน้นเพิ่มในด้านการเรียนภาษาต่างประเทศ (ภาษาอังกฤษ) โดยเฉพาะนักเรียนในแผน Intensive English Program ซึ่งนอกจากนักเรียนจะได้เรียนภาษาอังกฤษกับครูต่างชาติเจ้าของภาษาในวิชาภาษาอังกฤษแล้ว นักเรียนยังได้เรียนกับครูต่างชาติในเนื้อหาวิชาคณิตศาสตร์ วิทยาศาสตร์ และสุขศึกษาด้วย  ทำให้นักเรียนสามารถพัฒนาทักษะภาษาอังกฤษ ไม่ว่า การฟัง พูด อ่าน เขียน และได้ดียิ่งขึ้น  นอกเหนือจากวิชาตามหลักสูตรแกนกลาง โรงเรียนเพ็ญสมิทธ์เปิดสอนว่ายน้ำ สำหรับนักเรียนตั้งแต่เตรียมอนุบาลถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 6  เพื่อให้นักเรียนได้ออกกำลังกายทุกส่วนของร่างกายและมีทักษะในการดำรงชีวิตหากต้องทัศนาจรบริเวณแหล่งน้ำต่าง ๆ   นอกจากนั้น โรงเรียนสอนวิชาเทควันโดให้แก่นักเรียนชั้นประถมศึกษาปีที่ 4-6 เพื่อให้นักเรียนมีทักษะในการป้องกันตัว และได้ออกกำลังกายอีกทางหนึ่ง

 

การเรียนรู้โดยการปฏิบัติเป็นสิ่งที่โรงเรียนส่งเสริม โรงเรียนจึงจัดกิจกรรมให้แก่นักเรียนตลอดปีการศึกษา ไม่ว่าจะเป็นกิจกรรมประจำปี เช่น ไหว้ครู วันพ่อ วันแม่ ฯลฯ เป็นกิจกรรมทางวัฒนธรรม ที่เปิดโอกาสนักเรียนได้แสดงความกตัญญูต่อผู้มีพระคุณ  กิจกรรมทางศาสนา เช่น แห่เทียนพรรษา คริสตมาส ฯลฯ เป็นกิจกรรมที่ให้ความรู้และเปิดโอกาสให้นักเรียนได้ปฏิบัติศาสนกิจ  กีฬาสีก็เป็นอีกกิจกรรมที่สอนให้นักเรียนมีความสามัคคี ทำงานเป็นกลุ่มและมีความเสียสละ รู้จักแพ้ ชนะ ให้อภัย

และที่กิจกรรมสำคัญที่สุดคือกิจกรรมทางวิชาการ ซึ่งแต่ละกิจกรรมนักเรียนจะได้เชื่อมโยงความรู้ในสาขาวิชาต่าง ๆ เพื่อจัดแสดงผลงานของกลุ่ม  การทำงานกลุ่มนั้นเป็นการฝึกให้นักเรียนรู้จักการทำงานร่วมกัน ซึ่งเป็นสิ่งที่สำคัญมากสำหรับการประกอบอาชีพในอนาคตของนักเรียน